A Cetrel tem firmado alianças estratégicas com importantes empresas nacionais e internacionais da área ambiental, entre as quais a norte-americana Hydrogeologic, no apoio à área de águas subterrâneas, especialmente na operação do Programa de Gerenciamento dos Recursos Hídricos do Pólo Industrial de Camaçari. Outra importante aliança estratégica da Cetrel é com a empresa canadense Lakes Environmental Inc., para o desenvolvimento e utilização de softwares específicos na área de monitoramento do ar. Cumpre destacar, também, a aliança estratégica com a empresa francesa Environment, fornecedora de tecnologia, equipamentos e serviços de apoio à Rede de Monitoramento do Ar do Pólo de Camaçari, operada pela Cetrel.
