Os sistemas de proteção ambiental da Cetrel são classificados como sendo de grande porte, em função da dimensão do Complexo Industrial de Camaçari. Os principais serviços e processos de produção da Cetrel são os seguintes:

Tratamento de Efluentes Líquidos - processo biológico de lodos ativados, que possibilita a redução da carga orgânica poluidora presente nos efluentes líquidos industriais. A Estação de Tratamento de Efluentes (ETE) tem uma eficiência de remoção de poluentes da ordem de 97% e capacidade para tratar 144.000 metros cúbicos, o que equivale aos esgotos gerados por uma cidade de três milhões de habitantes. Os efluentes são conduzidos das empresas do Pólo à estação através de um sistema de coleta e transporte composto por 30 quilômetros de tubulações subterrâneas e 30 quilômetros de canais.

Disposição Oceânica dos Efluentes Líquidos - sistema composto por um emissário terrestre com 11 quilômetros de extensão e emissário submarino com 4,8 quilômetros, que dispõe os efluentes tratados pela ETE no fundo do mar, a uma profundidade média de 25 metros e com diluição mínima de 1:400.

Disposição de Resíduos Sólidos - processo que utiliza aterros industriais especiais para disposição final dos resíduos sólidos, constituídos por células impermeabilizadas com camadas de argila e mantas plásticas de polietileno de alta densidade (PEAD), onde são acondicionados os resíduos.

Incineração de Resíduos Perigosos - os resíduos líquidos e sólidos são queimados a temperaturas de cerca de 1.250ºC. O sistema de lavagem de gases dos incineradores garante níveis de poluentes atmosféricos inferiores aos legislados na emissão de gases das chaminés. O parque de incineração é composto por dois incineradores - um para resíduos líquidos e outro para resíduos sólidos.

Monitoramento do Ar - processo realizado através das dez estações fixas da Rede de Monitoramento do Ar, que avaliam continuamente a qualidade do ar na área de influência do Pólo Industrial de Camaçari, privilegiando as comunidades vizinhas. As estações são interligadas por sistema de telemetria que permite a disponibilização dos dados apurados em tempo real.

Gerenciamento dos Recursos Hídricos - inclui o monitoramento do aqüífero e dos corpos de água superficiais na área de influência do Pólo Industrial de Camaçari, através de uma rede composta por 836 poços - dos quais 692 poços de monitoramento com profundidades variando entre 10 e 200 metros, 117 poços de produção e 27 poços de extração, entre eles 14 da barreira hidráulica, bem como de 15 pontos de monitoramento em seis rios da região.

Monitoramento na Fonte – inclui o monitoramento dos efluentes orgânicos e não contaminados gerados pelos clientes interligados ao sistema de coleta, transporte, tratamento e disposição final dos efluentes do Pólo Industrial de Camaçari.